在历史上，瑶族人民在预防医学方面也总结出丰富的经验。瑶族先民很早就认识到某些疾病是可以互相传染的，当隔离了病人或焚烧其尸或迁徙其居，就能预防某种疾病的传播。

《开建县志》：瑶族“惧患痘，有出而染者，不得复入”。在《阮通志》中有这样的记载：“有病殁，则并焚其尸徙居焉”。瑶族对天花等烈性传染病，“采取严禁天花患者回归原来材寨居住的方法，将病人与居民隔离开，以减少这种疾病的流行”。这种隔离方法在广东连南瑶族自治县八排瑶族地区及广西金秀瑶族自治区县的罗运地区都曾采用过。瑶族许多地区有火葬的习惯。火葬既达到消灭传染源的目的，又可保护环境免受污染。这种文明的葬礼，也正是当今社会所提倡和推广的。

瑶族的村规民约，也反映了瑶族预防医学历史的又一个侧面。如《瑶家河规》中规定：“不能乱倒杂物污染河水”。瑶族的“石牌”中也有关于不得乱放药毒鱼的规定。这都说明了瑶族人民在与疾病作斗争中很早就认识到疾病可以传染，用隔离或消灭传染源的方法可以制止传染病的流行，用预防的方法可以减少疾病的发生，并采取了简单易行而有效的隔离方法及地方法规性的环境保护措施。瑶族人民就是将防与治紧密地结合起来，从而保证了本民族的健康、繁衍，也为人类的健康作出了贡献。瑶医用的植物药，常与动物的肉、骨头或内脏配伍。究其原因是：植物药大多是用新鲜的原生药，未经过特殊的加工炮制，一般水煎服或外洗，这样药力一般较猛，易过量而产生毒副作用，特别是打类药，与动物性配伍后，药力就和缓些。再则配入骨头等共炖，煎煮的时间较长，一些毒性植物药，久煎后毒性可降低。

同时，由于瑶族历来生活条件艰苦，生活水准较低，动物蛋白来源少，加入动物的骨、肉、内脏共炖，吃肉喝汤，可以增加机体动物蛋白的摄取量，从而增加机体的抵抗力，有些动、植物药配用，还能起到协同、增加药效的作用。由于上述种种原因，瑶族用药以动、植配伍，常能收到殊效。

卫生习俗，它反映了瑶族人民灿烂的传统文化的健康部分，成为瑶族医药重要内容之一。

瑶族大多高山为居，迁徙频繁，游耕生产，生活条件十分艰苦，但深山老林，资源却十分丰富。勇敢勤劳的瑶族人民，利用本地的资源防病治病、保护健康、繁衍后代的经验是很丰富的。然而没有本民族的文字，无法对丰富的医药卫生经验进行文字总结，传给后代，卫生习俗则成为一种特殊的记载和传录方式，至今不少地区瑶寨仍沿用不衰。